基督教于1876年传入四川，先后有英、美、加、德、澳、挪等国基督教30多个差会。迄至1900年，先后进入四川的传教十和医生有254人，多数来自英国、美国和加拿大。1906年，四川各差会联合成立华西基督教教育协会，1910年，美以美会、英美会、公谊会联合创办华西协和大学。1901年—1935年，入川基督教传教士多达1000余人，占入川传教士总数约56.5%。到1920年，各差会在四川51个城镇开辟了76个总堂，其数量之多仅次于广东、江苏二省。1920年，四川已有礼拜堂369个，有教徒12954人，在四川各地教会工作的外国人有543人，其中牧师91人。中国传教士490人，其中牧师35人，传道员455人。

1906年，俞宗周在上海发起自立会，此后，自立之风逐渐普及到全国，各地纷纷成立自立教会。1920年自立教会召开第一次全国代表大会。至1924年，全国各地成立自立教会已达330多处，同时，上海成立中国基督教会，此后在香港、北京、宁波、徐州、长沙、太原等处先后成立支会，其后天津支会改称为中国基督教会。20年代，四川的基督教爱国教徒也参加了自立运动。1921年5月9日，正式成立“中国耶稣教自立会四川泸县分会”，不久，又成立“中国耶稣教四川泸县自立会川南联合会”。与此同时，1928年，由车耀先等人发起成立了“中华基督教改进会”，主张“收回教产产权”，“华人自主教会”等爱国主张。

1920年前后是各国基督教来川最兴旺时期，为协调各差会和基督团体的关系，1922年5月在上海成立了中华基督教协进会，成为全国各教会的代表机构。1924年，四川基督教协会正式成立。1937年搞战爆发后，四川成为全国基督教的中心。基督教自传入四川至1949年底，先后建立教堂（包括分堂）611个，分布在四川、西康两省的147个市县，有1807个外国传教士进入四川，有中国籍会督、牧师204人，传道员310人，至1949年有教徒5万余人。

中华人民共和国成立后，基督教开始了自办教会时期。1950年7月，上海中国牧师吴耀宗等人号召中国基督教徒割断与帝国主义的联系，肃清帝国主义在中国基督教会的影响，实行中国教会的自治、自传、自养。从此，中国基督教界掀起了独立自主的“三自”革新运动。1950年10月，成立了重庆市基督教革新学习委员会，接着，成都市基督教徒学习委员会成立。抗美援朝战争爆发后，四川省的“三自”革新运动迅速开展，1950年~1956年，川、康两省建立三自爱国运动委员会（或三自革新会）和小组共51处。1954年，中国基督教三自爱国运动委员会成立之后，1958年2月，四川省基督教“三自”爱国运动委员会成立，从此实现了四川基督教在爱国、爱教基础上的大团结、大联合。1959年4月，四川省基督教会教牧人员被选拔为政协委员和人民代表共60人，其中人大代表23人，政协委员25人，同时担任两职的有12人。“文化大革命”时期，四川基督教同其他宗教一样遭到浩劫，一切宗教活动停止。粉碎“四人帮”以后，随着国家宗教信仰自由政策的贯彻落实，基督教的宗教活动也逐渐恢复。“文革”期间停止活动的各地三自爱国会组织，在1978年以后逐渐恢复。